采用ChIP-chip技术分析大鼠肺成纤维细胞转分化前后全基因组蛋白H3K4三甲基化水平的改变

摘要：目的研究经二氧化硅（Si O_2）染毒的肺成纤维细胞（LF）转分化前后全基因组蛋白H3赖氨酸4（H3K4）三甲基化（met3）水平的改变。方法原代培养大鼠肺泡巨噬细胞（AM）和LF,采用transwell共培养,建立共培养模型,用100 mg·L（-1）游离Si O_2粉尘染毒AM 24 h,收集LF细胞,免疫组织化学法对转分化后的LF进行表型鉴定。采用染色质免疫共沉淀联合芯片技术（Ch IP-chip）对LF全基因组蛋白H3K4met3进行高通量筛选,采用染色质免疫共沉淀-实时荧光定量聚合酶联反应技术（Ch IP-q PCR）验证芯片结果,采用定量逆转录聚合酶联反应技术（q RT-PCR）检测H3K4出现显著差异的m RNA表达水平。结果通过对经Si O_2染毒前后LF全基因组蛋白H3K4met3水平的对比,共筛选出1815个基因存在H3K4显著性差异（Cy3/Cy5比值〉2.0或〈0.5,Nimble Scan V2.5软件）,其中518个基因出现H3K4met3程度增高,1297个基因H3K4met3程度降低。随机挑选2个差异表达基因nfib和kpna3,以Ch IP-q PCR和q RT-PCR方法验证,取得与Cp G岛芯片一致的结果。结论经Si O_2染毒的LF转分化前后全基因组蛋白H3K4met3水平存在显著改变。ChIP-chip技术有利于进一步揭示矽肺纤维化发生的分子机制,有助于发现新的蛋白标志物和基因干预靶点。